Quá trình điều tra mở rộng vụ án, ngày 24/02/2021, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ban hành các quyết định tố tụng: Quyết định bổ sung quyết định khởi tố vụ án hình sự “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” xảy ra tại Tổng Công ty Nông nghiệp Sài Gòn – TNHH Một thành viên quy định tại Điều 360 Bộ luật hình sự năm 2015.
Đồng thời, ra Quyết định khởi tố bị can, Lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú và Lệnh khám xét chỗ ở và nơi làm việc về hành vi “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí” và “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”, đối với: Nguyễn Thị Thanh An, nguyên Kiểm soát viên Tổng Công ty Nông nghiệp Sài Gòn – TNHH Một thành viên; Lê Văn Thanh, nguyên Phó Chánh Văn phòng Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh; Nguyễn Thanh Chương, nguyên Trưởng phòng Phòng Đô thị thuộc Văn phòng Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh.
Sau khi Viện kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn các quyết định tố tụng nêu trên, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã thi hành các quyết định tố tụng đúng quy định của pháp luật.