Cụ thể, UBND tỉnh Bến Tre cho phép thu hồi đất không đúng quy định của Luật Đất đai, dẫn đến cơ quan thuế cho phép khấu trừ chi phí đền bù, hỗ trợ và tái định cư khi xác định tiền sử dụng đất, tiền thuê đất chưa đúng quy định, cần phải thu hồi về cho ngân sách nhà nước 3 tỷ 584 triệu đồng.
Bên cạnh đó, UBND tỉnh Bến Tre giao, cho thuê đất do Nhà nước trực tiếp quản lý không thông qua đấu giá quyền sử dụng đất, cho Công ty CP giáo dục Thành Công để thực hiện dự án Trường mầm non và tiểu học Quốc tế Abi tại TP Bến Tre.
Ngoài ra, Công ty Cổ phần đầu tư xây dựng chợ Thành Đô còn được tỉnh ưu ái cho thuê để thực hiện dự án đầu tư dự án chợ Ba Vát huyện Mỏ Cày Bắc.
Qua đây, Thanh tra Chính phủ xác định các hành vi trên là vi phạm Luật Đất đai 2013, dẫn đến tổ chức được Nhà nước giao, cho thuê đất được hưởng lợi từ việc được miễn tiền thuê đất, cần phải thu hồi số tiền về cho ngân sách nhà nước 7 tỷ 854 triệu đồng.
Thanh tra Chính phủ còn phát hiện Cục trưởng Cục Thuế cho phép miễn tiền sử dụng đất sai quy định với số tiền hơn 11,7 tỷ đồng. Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh buông lỏng quản lý nhà nước về đất đai dẫn đến Công ty CP đầu tư và khai thác Biển Đông (được Nhà nước cho thuê đất thực hiện dự án nuôi nghêu và được miễn tiền thuê đất) góp vốn bằng quyền sử dụng đất thuê, bản chất là cho thuê lại quyền sử dụng đất thuê trả tiền hàng năm là trái Luật Đất đai 2013, dẫn đến Công ty Biển Đông thu lợi trái quy định, phải thu về cho ngân sách hơn 1,6 tỷ đồng.
Đồng thời, Sở Tài nguyên và Môi trường đã thiếu kiểm tra, giám sát tiến độ thực hiện dự án của các tổ chức được nhà nước giao đất, cho thuê đất, dẫn đến một số chủ đầu tư vi phạm về đất đai, nhưng không được phát hiện và xử lý kịp thời.
Ngoài ra, UBND tỉnh Bến Tre còn khoanh định mỏ khoáng sản các khu vực sông Hàm Luông vào danh mục không đấu giá quyền khai thác khoáng sản là trái quy định. Cần thu hồi giấy phép và tổ chức đầu giá.
Sở TNMT tỉnh tham mưu UBND tỉnh Bến Tre cấp giấy phép khai thác khoáng sản đối với nhiều doanh nghiệp khi hồ sơ cấp phép không đảm bảo điều kiện theo quy định; buông lỏng quản lý dẫn đến Công ty CP VLXD Bến Tre khai thác vượt công suất không không được phát hiện và xử lý. Cục Thuế tỉnh chưa có biện pháp xử lý cương quyết để thu tiền cấp quyền khai thác khoáng sản về cho ngân sách, dẫn đến nợ kéo dài, không có khả năng thu hồi lên đến 16,1 tỷ đồng.
Đồng thời, 2 đơn vị trên buông lỏng quản lý trong việc kiểm tra, giám sát các tổ chức được cấp phép khai thác cát, dẫn đến công ty khai thác và bán cát nhưng không kê khai nộp thuế tài nguyên, phí bảo vệ môi trường, thuế giá trị gia tăng… gây thiệt hại ngân sách nhà nước với số tiền tạm tính là 18,8 tỷ đồng. Hành vi này của Công ty CP VLXD Bến Tre có dấu hiệu trốn thuế.
Qua đây, Tổng Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Chủ tịch UBND tỉnh Bến Tre chấn chỉnh các lĩnh vực công tác có vi phạm đã được kết luận chỉ ra.
Theo Thanh tra Chính Phủ, để xảy ra các vi phạm, thiếu sót trên, Chủ tịch UBND tỉnh (thời kỳ 2015 - 2018) chịu trách nhiệm trong công tác chỉ đạo, điều hành chung. Cục trưởng Cục Thuế và người đứng đầu các đơn vị trực thuộc thời kỳ 2015 - 2018 chịu trách nhiệm chính đối với các vi phạm, thiếu sót đã nêu trên.