Theo Báo cáo Kiểm toán Nhà nước năm 2020, ĐHQGHN thực hiện 37 gói thầu mua sắm, sửa chữa tài sản với tổng kinh phí quyết toán 41.988,4 triệu đồng (Không bao gồm các gói thầu do Ban Quản lý các dự án thực hiện). Trong đó có 09 gói thầu được thực hiện đấu thầu rộng rãi; 11 gói thầu thực hiện chỉ định thầu rút gọn và 17 gói thầu thực hiện chào hàng cạnh tranh. Qua kiểm toán cho thấy: ĐHQGHN phê duyệt Kế hoạch lựa chọn nhà thầu dựa trên đề xuất và hồ sơ cung cấp của các đơn vị theo quy định thẩm quyền tại Điều 37 Luật Đấu thầu số 43/2013/QH13 ngày 26/11/2013 và khoản 1 Điều 76 và Điều 100 của Nghị định 63/2014/NĐ-CP ngày 26/06/2014; phân cấp thẩm quyền phê duyệt trong quản lý đầu tư xây dựng theo quy định.
Tại Trung tâm Ứng dụng Công nghệ thông tin (Trung tâm Ứng dụng CNTT) thuộc Văn phòng ĐHQGHN đã chia nhỏ gói thầu, không tổ chức đấu thầu theo quy định tại Nghị định số 63/2014/NĐ-CP ngày 26/06/2014 của Chính phủ; Các gói thầu áp dụng hình thức chỉ định thầu rút gọn tuy nhiên đơn vị không thực hiện phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu theo quy định tại điểm a khoản 3 Điều 15 Thông tư số 58/2016/TT-BTC, không có các hồ sơ theo quy định về quy trình chỉ định thầu rút gọn (chưa có đủ các hồ sơ theo quy định về quy trình chỉ định thầu rút gọn như thiếu kế hoạch lựa chọn nhà thầu, biên bản thương thảo hợp đồng); chỉ định thầu nhưng hồ sơ không thể hiện năng lực, kinh nghiệm trong các các lĩnh vực tham gia.
Chi thuê chuyên gia theo định múc do đơn vị tự xây dựng nhưng không được quy định trong Quy chế chi tiêu nội bộ, chi phục vụ hội nghị áp dụng theo văn bản đã hết nhiệu lực (Trung tâm Ứng dụng CNTT chi theo quy định tại Thông tư số 01/2010/TT-BTC ngày 06/1/2010 và Thông tư số 97/2010/TT-BTC ngày 06/07/2010 của Bộ Tài chính đã hết hiệu lực).
Chi thu nhập tăng thêm trước khi thực hiện nghĩa vụ với NSNN tại Trung tâm Ứng dụng CNTT chưa phù hợp theo khoản 2 Điều 18 Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/04/2006 của Chính phủ, số tiền là 337,5 triệu đồng.
Qua kiểm toán KTNN phát hiện một số đơn vị xác định không chính xác doanh thu, chi phí, dẫn đến KTNN xác định các khoản thuế phải nộp tăng thêm 1.336,1 triệu đồng. Trong đó TNDN tại Trung tâm Ứng dụng CNTT 47,2 triệu đồng.
Các đơn vị được kiểm toán đã mở sổ theo dõi công nợ cho từng đối tượng, thực hiện đối chiếu xác nhận công nợ cuối năm nhung chưa đầy đủ. Một số đơn vị chư xử lý dứt điểm các khoản công nợ kéo dài nhiều năm (Trung tâm Ứng dụng CNTT). Một số khoản công nợ lớn nhất phát sinh từ nhiều năm trước nhưng không cung cấp được hồ sơ bao gồm những vấn đề cần phải thuyết minh đãn đến không thể thu thập đầy đủ bằng chứng kiểm toán tích hợp (nợ phải trả 4.890 triệu đồng, nợ phải thu 2.833. triệu đồng).
Kiểm toán chỉ ra Trung tâm Ứng dụng CNTT hạch toán không chính xác tính chất các nghiệp vụ kinh tế phát sinh trên tài khoản phải thu, phải trả. Không đối chiếu, xác nhận công nợ cuối năm tài chính. Không đúng quy định tại điểm b Khoản 2 Điều 5 Thông tư 13/2017/BTC ngày 15/02/2017 của Bộ Tài chính.
