Việc trích đo, thẩm định, xác định nguồn gốc đất khi lập hồ sơ cho thuê đất chưa chặt chẽ, dẫn đến một số trường hợp chưa xác định đúng nguồn gốc đất trước khi cho thuê.
Một số trường hợp thỏa thuận đưa diện tích đất nông nghiệp đang sử dụng để cho một người đứng tên thuê, nhưng quá trình thiết lập hồ sơ cho thuê đất không được xác lập văn bản, kiểm tra, làm rõ.
Một số trường hợp khi lập hồ sơ cho thuê đất không phù hợp với quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất.
Bên cạnh đó, toàn bộ các hồ sơ cho thuê đất thể hiện việc xác định đối tượng thuê đất là cá nhân, nhưng quá trình lập hồ sơ thuê đất là diện tích của cả hộ gia đình đang sử dụng (diện tích định suất được giao cho cả hộ gia đình); không có văn bản thỏa thuận thống nhất giữa các thành viên trong gia đình.
Các trường hợp được thuê đất (38/38 trường hợp) không thực hiện hoàn thành thủ tục thu hồi đất và giải phóng mặt bằng trước khi cho thuê đất là không đúng quy định. Thực tế, một số cá nhân chỉ cần làm thủ tục chuyển mục đích sử dụng từ đất nông nghiệp được giao sang đất nuôi trồng thủy sản, nhưng cơ quan chuyên môn của UBND huyện lại hướng dẫn thực hiện theo quy trình thuê đất.
Việc cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đối với diện tích đất thuê cho một số cá nhân chưa đúng mục đích sử dụng. Cá nhân xin thuê đất cho mục đích sản xuất nông nghiệp, nhưng lại cấp giấy chứng nhận là đất sản xuất kinh doanh phi nông nghiệp. Việc cấp giấy chứng nhận quyên sử dụng đối với diện tích cho một số cá nhân thuê đất còn chồng lấn lên diện tích đất nông nghiệp được giao theo định suất của hộ gia đình, cá nhân.
Thanh tra tỉnh cũng chỉ rõ, việc xác định đơn giá để tính tiền thuê đất (đơn giá đất sản xuất kinh doanh phi nông nghiệp) không đảm bảo đúng mục đích sử dụng đất thuê. Công tác phối hợp giữa UBND huyện với cơ quan thuế trong việc theo dõi thu, nộp tiền thuê đất, thực hiện thủ tục miễn tiền thuê đất chưa tốt, chưa kịp thời.
Việc quản lý, lưu giữ hồ sơ cho thuê đất còn chưa đảm bảo, thiếu nhiều hồ sơ, tài liệu liên quan (đơn xin thuê đất, trích đo địa chính, biên bản thẩm tra của Phòng Tài nguyên và Môi trường...). Việc sắp xếp hồ sơ không khoa học. Việc theo dõi, cập nhật chỉnh lý trong hồ sơ địa chính chưa tốt.
Trong quá trình sử dụng đất thuê, một số trường hợp đã chuyển nhượng dự án đầu tư cho người khác nhưng chưa được UBND huyện, cơ quan chuyên môn của huyện phát hiện, xử lý kịp thời.
Nguyên nhân của khuyết điểm, sai phạm được Thanh tra tỉnh chỉ ra là UBND huyện giai đoạn 2006-2012 chưa thực sự quan tâm, sâu sát trong việc chỉ đạo lập hồ sơ cho hộ gia đình, cá nhân thuê đất. Các cơ quan chuyên môn có liên quan của UBND huyện, UBND xã Yên Lư chưa thực hiện tốt công tác quản lý nhà nước về đất đai, chưa thực hiện đúng quy trình, thủ tục thiết lập hồ sơ cho thuê đất; một số cán bộ, công chức có liên quan chưa thực hiện đúng chức trách, nhiệm vụ được giao. Công tác tuyên truyền, phổ biến về pháp luật đất đai chưa thực sự hiệu quả; nhận thức về pháp luật đất đai của người dân (người xin thuê đất) còn hạn chế.
Trách nhiệm chung đối với những thiếu sót, sai phạm được phát hiện qua thanh tra thuộc về UBND huyện giai đoạn từ 2006-2012. Những khuyết điểm, sai phạm liên quan đến lập hồ sơ cho 38 cá nhân thuê đất trên địa bàn xã Yên Lư trong giai đoạn từ 2006-2012 đến nay tuy chưa để xảy ra hậu quả, chưa gây thiệt hại nhưng UBND huyện cần phải nghiêm túc kiểm điểm, rút kinh nghiệm.
Thanh tra tỉnh đề nghị UBND huyện Yên Dũng nghiêm túc kiểm điểm, rút kinh nghiệm trong việc lập hồ sơ cho thuê đất trên địa bàn xã Yên Lư, huyện Yên Dũng giai đoạn từ 2006-2012. Chủ tịch UBND huyện Yên Dũng có trách nhiệm xem xét, xử lý nghiêm trách nhiệm đối với tập thể, cá nhân có liên quan tại thời điểm lập hồ sơ cho thuê đất giai đoạn 2006-2012 (tại Phòng Tài nguyên và Môi trường, Phòng Tài chính Kế hoạch, UBND xã Yên Lư) trong việc tham mưu thiết lập hồ sơ, quy trình thủ tục cho 38 cá nhân thuê đất trên địa bàn xã Yên Lư.